Durant les quatre premières années de son existence, la colonie, estimée à près de 270 personnes, n’avait pas de clergé ordonné. Le premier, Jonas Michel, arriva le 7 avril 1628, et était d’origine française. Suivant la coutume du clergé hollandais de l’époque, il latinisa son nom et se fit nommer Jonas Michaelius. Il commença régulièrement à célébrer des messes dans une salle au-dessus du moulin à blé du village, là où de nos jours, se trouve William Street, près de Pearl Street. Il semble qu’il parlait assez bien le français et qu’il pouvait prêcher en français tant bien que mal. Il est certain qu’il commença à célébrer régulièrement des messes en français tous les dimanches après la messe matinale en hollandais. La date de la fondation de l‘Eglise française du Saint Esprit est assez symbolique. Dans une lettre datée du 11 août 1628, Michaelius écrit à un collègue à Amsterdam que la Sainte Communion a été administrée (aux Français et Wallons) en langue française, selon le style français, avec un discours dont la version écrite était sous mes yeux étant donné que je ne me faisais pas confiance en matière d’improvisation Par conséquent, le Jour de Pâques 1628 fut choisi comme date pour représenter la fondation de Saint-Esprit.

Jonas Michaelius retourna en Hollande en 1633. Pendant le demi-siècle qui suivit, les besoins religieux de la population francophone furent satisfaits aussi bien que possible par divers membres du clergé hollandais. Presque majoritaire au début, la fraction francophone de la Nouvelle-Amsterdam (la Nouvelle York après 1664) déclina progressivement, quoiqu’elle ne disparut jamais totalement. La première vague de persécutions envers les Protestants français durant l’époque du massacre de la Saint-Barthélemy fut finalement résolue par la promulgation de l’Edit de Nantes, en 1598, attribuant ainsi un statut légal à la religion Réformée. L’afflux de nouveaux réfugiés cessa. Tendance qui serait renouvelée, les Huguenots émigrant vers d’autres pays travaillaient dur, prospéraient, se mariaient vite avec les résidents de leurs nouveaux pays, et perdaient leur aisance avec la langue française.

La seconde et la plus grande vague de Protestants arrivant de France commença durant le dernier quart du 17e siècle. Louis XIV renouvela la persécution des Protestants par une série de mesures répressives sévères qui culminèrent lors de la révocation de l’Edit de Nantes en 1685 et par un effort audacieux non seulement d’écraser toute pratique de la religion Réformée en France mais aussi d’en faire convertir de force tout Protestant au Catholicisme. Cette action tragique et erronée chassa de France des centaines de milliers de citoyens les plus capables et les plus assidus. Elle enrichit ces pays et ces colonies qui, judicieusement, leur offraient un refuge. L’Angleterre fut terre de refuge pour les Huguenots des provinces maritimes de France occidentale: Poitou, Saintonge et Aunis. Un plus petit nombre venait d’ailleurs en France, surtout de Normandie. De l’Angleterre, des milliers migraient aux colonies en Amérique. Jean Maynard, dans son histoire de Saint-Esprit, a estimé que l’Eglise Française de la Nouvelle-York accueillit environ un quart d’un pourcent de toute l’immigration huguenote. Ce pourcentage fut cependant suffisant pour faire croître dramatiquement la population francophone de la Nouvelle York. En 1697, selon le Dr. Maynard, il y avait 4000 habitants dans la ville de New York dont environ 15 pourcent de Huguenots.

La première Eglise Française indépendante fut organisée par le Rév. Pierre Daille, qui avait été professeur à la faculté protestante de Saumur avant qu’elle ne soit fermée par décret du roi, et sa faculté bannie. Cherchant refuge en Hollande, M. Daille alla ensuite à Londres où il fut reçu dans les ordres saints anglicans. Il arriva en Amérique pour travailler avec les Français et les Hollandais, non seulement à Manhattan, mais également aux alentours, visitant régulièrement les communautés huguenotes implantées à New Paltz, Staten Island, et au New Jersey.

En 1687 il fut aidé par l’arrivée du Rév. Pierre Peiret, originaire de Languedoc dans le sud de la France. Se concentrant sur les Français de New-York pendant que M. Daille continuait son travail dans la région avoisinante, M. Peiret organisa la première congrégation française à avoir son propre édifice. Cette petite église se situait où ce qu’à l’époque on appelait Petticoat Lane, devenue ensuite MarketfieldStreet. Aujourd’hui, la rue s’appelleBattery Place et se situe entre les rues Broadway et West. Elle fut appelée tout simplement L'Eglise Française à la Nouvelle York.