Il devint évident que dû sa condition précaire, il profiterait à Saint-Esprit d’adhérer à une dénomination protestante plus importante. En novembre 1802, après bien des débats, les paroissiens votèrent à l’unanimité de joindre l’Eglise épiscopale. Cette décision prise par une église française de tradition calviniste, simple, basée sur un rite ordinaire et une structure démocratique, d’adhérer à une église au culte élaboré, gestes aristocratiques, et rattachée à une hiérarchie "catholique" ne cessa jamais d’être sujet de perplexité. La question se pose, elle demande une explication. Or la décision était logique à l’époque. L’église épiscopale moderne est, à beaucoup d’égards le résultat du Mouvement d’Oxford. Déclenché en Angleterre en 1833, 30 ans après l’adhésion de Saint-Esprit à l’Eglise épiscopale, le mouvement raviva une tradition, une liturgie et une doctrine anglo-catholiques à la vie d’une église qui avait été, des siècles durant, bien plus protestante. Depuis ses origines auprès de l’Eglise d’Angleterre, le mouvement se propagea rapidement à l’Eglise épiscopale américaine au cours du 19e siècle. Cependant, l’Eglise épiscopale de 1802 était encore bien plus calviniste et protestante dans son aspect externe que ce qu’elle allait être plus tard. Les anciens ainsi que les membres de Saint-Esprit n’y voyaient aucun problème insurmontable. Ils rejetèrent d’autres dénominations protestantes pour des raisons qui ne seraient pas considérées importantes aujourd’hui. L’Eglise néerlandaise réformée était trop hollandaise, les Presbytériens trop écossais, et les Luthériens trop allemands. L’Eglise congrégationnelle n’avait pas de représentation à New-York. Alors tout favorisait l’Eglise épiscopale. Depuis les premières persécutions de Protestants français, les rois anglais avaient toujours accueilli les Huguenots en Angleterre et dans les colonies. Cette tradition de relations chaleureuses avec l’Eglise d’Angleterre allait continuer avec l’Eglise épiscopale après la Révolution américaine. Plusieurs pasteurs de Saint-Esprit avaient été conférés aux ordres anglicans. Aussi, dans le passé, lorsque les enfants de réfugiés huguenots cherchaient à se joindre aux églises américaines, ils avaient tendance à choisir l’Eglise d’Angleterre. L’Evêque épiscopal de New York, le Dr. Benjamin Moore, fut impressionné par Pierre Albert et encouragea vivement que Saint-Esprit adhèra au Diocèse de New York. Il fallait compter sur l’avantage supplémentaire du legs de Des Brosses. En 1773, Elias des Brosses, un Huguenot devenu membre du Consistoire de l’Eglise de la Trinité à Wall Street, rédiga un testament juste avant sa mort. Il laissait mille livres prises en charge par l’Eglise de la Trinité afin de maintenir un clergé français célébrant l’Office divin en langue française selon la liturgie de l’Eglise d’Angleterre ». On avait fort besoin de cet argent. Cependant, la raison financière la plus manifeste de vouloir joindre l'Eglise épiscopale n’était pas son legs. Il s’avère qu’à cette époque-là, les églises étaient soutenues financièrement grâce aux revenus de bancs achetés par des fidèles. Etant donné que bon nombre de descendants des anciens membres de Saint-Esprit étaient épiscopaliens, on espérait que par loyauté, ils achèteraient des bancs à Saint-Esprit, maintenant qu’elle faisait partie de l’Eglise épiscopale.

Ce fut le lundi de Pentecôte 1803 que l’Evêque Moore consacra a petite église, au coin des rues Pine et Nassau, en tant que maison de culte épiscopalienne. Le lendemain, il ordonna Pierre Albert au diaconat et trois semaines plus tard, à la prêtrise. Presque tous les bancs furent bientôt achetés et le nombre de membres crût. Saint-Esprit était bel et bien sur le chemin du rétablissement.

Malheureusement, Pierre Albert mourut en 1806. Pendant dix ans le Consistoire chercha un remplaçant adéquat. Leur recherche fut rendue d’autant plus difficile que l’Europe s’embrouillait dans les guerres napoléoniennes. Enfin en 1816, après une longue correspondance et bien des déceptions, un membre du clergé de Neuchâtel, Henry Penevyre, accepta de venir servir à New York. Il fut conféré aux ordres épiscopaliens par l’évêque Hobert et pendant 10 ans jouit d’un énorme succès à Saint-Esprit. Sous son autorité, la paroisse consolida ses gains en adhérents et pouvait enfin s’appuyer sur une fondation financière solide. M. Penevyre était bien respecté par la communauté et fut honoré par un doctorat en divinité.

En 1826, M. Penevyre, vieillissant, démissionna afin de retourner en Suisse. Avant son départ, il se mit en contact avec diverses facultés théologiques suisses afin de trouver un successeur. Le candidat le plus exceptionnel était le jeune Antoine François Verren, âgé de 24 ans. Il avait été un excellent étudiant à l’Académie théologique de Genève et à ce moment-là servait comme pasteur à Marseille, sa ville natale. Le Consistoire lança un appel, M. Verren accepta, et arriva à New York en août 1827. Il allait être le recteur de Saint-Esprit pour les prochaines 48 années.

Antoine Verren se distinguait pour avoir célébré les offices divins dans trois bâtiments différents de l’église et d’avoir érigé deux d’entre eux. Son long apostolat touchait une période d’énorme croissance pour la ville de New-York. Parmi les multitudes d’immigrés affluant à New York beaucoup étaient des Protestants français et suisses. Ces derniers contribuèrent largement au renforcement de la paroisse.

A l’époque de l’arrivée du Dr. Verren, le quartier aux alentours du vieux bâtiment de l’église au coin des rues Pine et Nassau était devenu presque complètement industriel. Les quartiers résidentiels se déplaçaient rapidement vers le nord. Le bâtiment et la propriété furent vendus en 1831 et un nouvel édifice, en style Greek Revival par les éminents architectes Town and Davis, fut construit au coin des rues Church et Franklin. L’église était simple mais élégante, et très admirée pour la beauté de son dessin.

Cependant, la poussée vers le nord des quartiers résidentiels de Manhattan fut si rapide que, moins de 30 ans plus tard, le quartier avoisinant l’église était devenu presque entièrement commercialisé. La section française s’était déplacée vers le nord au West Side. C’est alors qu’en 1862, la propriété fut vendue et une nouvelle église construite au 30 West 22nd Street. Malheureusement, en accord avec le goût du jour, la nouvelle église fut dessinée dans un style néo-gothique médiocre. Elle allait servir la paroisse pendant moins de 40 années.

Après une période de service longue et distinguée, Antoine Verren mourut en mars 1874. Le Consistoire appella pour servir en tant que recteur le Rév. Leon Pons, qui habitait à Troy, New York. Il servit la paroisse pendant seulement cinq ans. Il semble que sa personnalité n’était pas aussi forte que celle du Dr. Verren et qu’il souffrait des inévitables problèmes d’un nouveau venu arrivé après la longue période de service de son prédécesseur. Après cinq ans, M. Pons décida qu’il préférait la vie de professeur de français à plein temps et donc démissionna afin d’accepter un poste d’enseignement.

Heureusement, un jeune membre du clergé luthérien, né en Alsace mais ayant reçu une bonne partie de sa formation théologique aux Etats-Unis, nommé Alfred Wittmeyer, était disponible pour succéder à M. Pons.Appelé en tant que recteur en 1879, il fut conféré aux ordres épiscopaliens par l’Evêque Horatio Potter. Il allait être recteur pour les prochaines 46 années. M. Wittmeyer était un choix idéal pour Saint-Esprit. Il était aussi à l’aise ave la culture française qu’ avec l’américaine. Sa période de service, presque aussi longue que celle du Dr. Verren, lui ressemblait à bien des égards. Tous deux étaient venu jeunes hommes à Saint-Esprit et y étaient restés pour le reste de leurs vies. Tous deux avaient de fortes personnalités et parvinrent à gagner le respect de leurs communautés avoisinantes. Tous deux étaient compétents et Saint-Esprit prospéra au sommet de leurs apostolats. Tous deux durent faire face au déclin du nombre d’adhérents vers la fin de leurs rectorats.

M. Wittmeyer possédait un talent remarquable pour les affaires et mit la paroisse sur un pied financier solide. La propriété de l’église au West 22nd Street était devenue très rentable. Il put la vendre, acheter une nouvelle propriété au 45-57 East 27th Street, y construire une nouvelle et plus grande église (malheureusement, également dans un style néo-gothique médiocre) et y jouir du revenu restant.

Une des contributions les plus durables de M. Wittmeyer fut son autorité en fondant la Société huguenote américaine en 1883. Il fut son secrétaire et son guide pendant 15 ans et travailla inlassablement afin de rallier les Américains de descendance huguenote et les encourager à apprécier leurs ancêtres. Inspirée par son exemple, la Société huguenote devint une source de vitalité pour Saint-Esprit qui continue jusqu’à nos jours.